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La découverte du crAssphage : un virus qui se cachait dans les bactéries de l’intestin humain

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Le microbiome ou génomes des micro-organismes vivant normalement chez l’homme, a été largement caractérisé, surtout par le projet scientifique dénommé Human Microbiome Project. Quant aux bactériophages, les virus n’infectant que les bactéries, ils restent plus mystérieux. La métagénomique ou étude du contenu génétique d’un échantillon issu d’un environnement complexe permet de marquer les séquences «inconnues» de ces virus, parce qu’ils ont peu de ressemblance avec ceux des bases de données.

Dans une étude publiée récemment dans la revue Nature Communications, des chercheurs ont utilisé une nouvelle technique pour étudier les fractions génétiques inconnues des virus de l’intestin et ont découvert un nouveau virus commun à la plupart des échantillons du microbiome humain.

Pourreconstituercesvirus inconnus, les chercheurs ont recherchésles données publiéessur le métagénomevirald’échantillonsfécauxde12 personnesafin d’identifier les séquencesquico-varient avec eux.Ces dernières sontsusceptibles de provenir du mêmebactériophageetpeuvent être utilisés pourréassemblerson génome. Ces séquences inconnues ont permis d’identifier un bactériophagetrèsabondantqui est partagépar de nombreuses personnes. Par cette découverte, l’équipe du professeur Bas Dutilh, auteur principal de l’étude, a chamboulé la théorie selon laquelle leviromeintestinale (ensemble des génomes d’une population virale de l’intestin)était uniqueà un individu.

Le nouveau virus, baptisé crAssphage, a été décrit comme six fois plus abondants que tous les bactériophages de viromes connus combinés. De plus, la plupart des protéines codées par le génome de crAssphage ne ​​correspond pas à des séquences connues, ce qui laisse la place à de futures recherches.

En plus de découvrir le crAssphage, ce travail ouvre la possibilité de caractériser les similitudes entre les viromes intestinaux de la population mondiale, de la même manière que le microbiome a été classé en entérotypes ou signatures bactériennes intestinales. Cette découverte, et surtout ce nouveau moyen de caractérisation,  permettraient aussi de vérifier les associations déjà evoquées entre notre flore intestinale et plusieurs maladies comme l’obésité, le diabète ou encore le cancer.

K.L

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